Nace el Capitán español, de oscuro origen y grandes dotes personales y militares, en la villa de Almagro, ubicada en la provincia de Ciudad Real, una de las cinco que por esa fecha componen el reino de Castilla. La fecha de su nacimiento no se conoce con exactitud, aunque se cree que ocurre entre los años 1475 y 1480. El erudito chileno José Toribio Medina sostiene que Almagro es hijo natural de Juan Montenegro, copero del maestro de la Orden de Calatrava y de Elvira Gutiérrez. Durante sus primeros años de vida habita en Aldea del Rey. Luego se traslada a la villa de Almagro donde transcurre su juventud. Tras la muerte de su padre permanece al cuidado de un tío, quien le proporciona un trato cruel, lo que lo lleva a huir de la casa y vagar por el reino. En este peregrinaje logra reunirse con su madre quien no lo recibe. Se emplea luego en casa de Luis de Polanco, uno de los alcaldes de la corte de los Reyes Católicos. Sin embargo una pelea en la cual deja malherido a su rival lo obliga a huir a Sevilla. Se embarca entonces en la armada de Pedro Arias Dávila rumbo al Nuevo Mundo.

En América inicia su carrera militar en Castilla del Oro, como un simple soldado. Vecino fundador de la ciudad de Panamá, sus méritos le permiten ser encomendero y reunir una gran fortuna. Allí traba amistad con Francisco Pizarro y forma una sociedad con éste y el clérigo Fernando de Luque. La primera expedición parte en 1524 y culmina en desastre. Celebran un nuevo contrato, en 1526, en el que acuerdan que Pizarro y Almagro se encargarían de los aspectos militares de la empresa y Luque suministraría los fondos requeridos para llevarla a cabo. Los beneficios se dividirían en partes iguales. Pero antes de emprender viaje, Pizarro decide partir a España para solicitar del Rey una licencia. En la corte se atribuye todos los méritos minimizando el valor de sus socios, lo que pone en peligro el proyecto. Finalmente Pizarro parte a Perú en 1531. Es seguido por Almagro , con refuerzos. Cuando éste último arriba a destino, Pizarro ha podido someter al imperio, obteniendo la gloria y el reconocimiento reales. Almagro debe conformarse con un rol secundario. Obtiene para sí el nombramiento de gobernador de la fortaleza de Tumbes y la concesión de hidalguía. En 1534 se hace acreedor del título de Adelantado de la gobernación de Nueva Toledo.

Luego de un pacto con Pedro de Alvarado, y disponiendo de sus tropas, emprende, el 3 de julio de 1535, viaje hacia Chile desde donde regresa en 1537, decepcionado porque no ha encontrado los tesoros que esperaba. Hasta entonces los españoles están convencidos de que al sur de imperio inca existen riquezas de incalculable valor. De vuelta en Perú encuentra a Cusco sitiado por tropas incaicas. Las obliga a levantar el cerco. Ingresa a la ciudad imponiéndose sobre Pizarro. Sin embargo luego de arrestarlo, lo libera. Las fuerzas almagristas y pizarristas se enfrentan en la batalla de Las Salinas, en abril de 1538. El Adelantado es derrotado, tomado prisionero y sometido a juicio. Condenado a garrote, luego de su muerte ocurrida el 8 de julio de 1538, su cadáver es decapitado y su cabeza expuesta en la plaza pública. Sus restos son finalmente sepultados en la Iglesia de La Merced, en la ciudad de Cusco, luego de una procesión pública presidida por sus mismos enemigos. Años más tarde, el 26 de junio de 1541, los partidarios de Almagro asaltan la casa del gobernador Pizarro y lo asesinan junto a otros capitanes.