Hijo de José María Prieto Sotomayor y Carmen Vial Santelices, José Joaquín nace en Concepción el 20 de agosto de 1786. Al finalizar sus estudios en el seminario se une a las milicias de caballería de Concepción, recorriendo Chile y Argentina en expediciones relacionadas con la causa patriota. Se marcha tras el desastre de Rancagua y regresa a Chile en 1814, participando en la recuperación del territorio. Teniendo una distinguida participación en el Ejército, es nombrado comandante general en armas de Santiago en 1817 y director general de la maestranza del Ejército en 1818. Políticamente, asume diversos cargos. Es gobernador interino de Concepción en 1821 y Diputado por Chillán. Más tarde, llega a ser consejero de estado, participando de la llamada "guerra a muerte" en contra de los Pincheira. Estando en el cargo de intendente de Concepción encabeza la guerra civil de 1829. Luego de Lircay, y tras dos breves gobiernos interinos, de Ovalle y Errázuriz, Prieto asume el cargo de Presidente, el 18 de Septiembre de 1931, con 45 años, fecha que se transforma en el hito oficial para el cambio de mando presidencial durante el siglo XIX.

En el primer período de gobierno, 1831–1836, se promulga la Constitución de 1833, siendo determinante en su administración la participación de Diego Portales, el que llega a ser titular en las carteras de Interior y Relaciones y de Guerra y Marina. Portales da de baja a los oficiales opositores al nuevo gobierno y reorganiza y unifica el Ejército. Bajo el mando de Manuel Bulnes las tropas logran establecer un relativo control de las montoneras y bandoleros del sur del país. Se dictan importantes leyes relacionadas con la seguridad social, especialmente en el campo de las jubilaciones civiles. Se aprueba un tratado de amistad y comercio con México, se realizan reformas tributarias y aduaneras, y se reduce el aparato burocrático, intentando equilibrar el presupuesto nacional. Estas últimas medidas, sumado al descubrimiento de plata en Chañarcillo, logran reactivar la economía. En el plano educativo, se funda la Escuela de Medicina, Farmacia y Obstetricia y se reorganiza el Instituto Nacional, todo esto con la asistencia de dos connotados intelectuales extranjeros que han arribado a Chile hace poco tiempo, Andrés Bello y Claudio Gay. Igualmente se procede, en 1835, a censar a la población, que en esos años llega a 1.000.000 de habitantes, sin contar a la población mapuche.

Bajo las normas de la Constitución del 33, José Joaquín Prieto es reelegido en 1836 para un segundo período presidencial, durante el cual se crea el Ministerio de Justicia y el Ministerio de Culto e Instrucción Pública, designándose a Mariano Egaña como titular de este último. Se funda también la Sociedad Nacional de Agricultura, encargada de fomentar y controlar la producción agrícola. Pese a todos estos cambios, que denotan una mayor tranquilidad social en comparación con los años anteriores, surgen intentos revolucionarios, provocados en parte por la intervención autoritaria del Ejecutivo y por el conflicto internacional que desatará la guerra contra la Confederación Perú-boliviana. Con este conflicto bélico se crea un ambiente de inestabilidad y desorden, que propicia las condiciones para el secuestro y fusilamiento del Ministro Diego Portales por parte de tropas y ex-oficiales antigobiernistas, acto que a pesar de desestabilizar el gobierno logra ser superado, al igual que la guerra de la que Chile sale victorioso en 1839. Al finalizar su mandato, Prieto se mantiene en la política, siendo elegido Senador en varias ocasiones. Muere en Santiago el 22 de noviembre de 1854.